税務調査の流れと立会いのポイント｜事前通知から終了まで税理士が解説

「税務署から電話がありました」。顧問先からこの一報が入る瞬間は、何度経験しても気が引き締まります。経営者の方にとっては、多くの場合が初めての経験かと思います。

税務調査は、事前通知から終了まで国税通則法に手続が定められています。流れと相手の権限をあらかじめ知っておくだけで、当日の心構えは大きく変わります。この記事では、税務調査の種類、事前通知から終了までの流れ、当日の対応のポイントを、立会いをする税理士の目線から解説します。

まず確認したいこと。それは本当に「税務調査」ですか

税務署からの連絡には、調査官が会社に来る「実地の調査」と、書面や電話だけで完結するものの2つがあります。後者は国税庁の統計では「簡易な接触」と呼ばれ、件数としてはこちらのほうがはるかに多くなっています。

注意したいのは、書面・電話による接触には「調査」の場合と「行政指導」の場合の両方があるという点です。行政指導は、申告書の計算誤りや記載漏れなどが疑われる場合に、自発的な見直しを求めるものとされています（国税庁「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」問2）。

両者を区別する実益は、はっきりしています。同FAQによりますと、行政指導に基づいて自主的に修正申告をした場合、延滞税はかかることがあるものの、過少申告加算税は賦課されません。そして、どちらに当たるかは、職員が具体的な手続に入る前に明示することとされています。

私も実務上、顧問先から「税務署から電話が来た」とご連絡をいただいたときは、まず「調査と行政指導のどちらだとおっしゃっていましたか」と確認するようにしています。

事前通知から調査終了までの流れ

ステップ1：事前通知

実地の調査を行う場合、税務署は原則としてあらかじめ通知を行います。通知されるのは、調査の日時・場所、対象となる税目や期間などです（国税通則法第74条の9第1項）。税務代理人がいる場合は、税理士にも通知されます。

通知は、原則として電話により口頭で行われます（前掲FAQ問12）。書面が届くものと思っている方が多いのですが、実際には突然の電話で始まります。そのため、電話を受けた時点で通知内容をその場でメモに取っておくことが、後の準備の起点になります。メモしておきたいのは、次の7項目です。

• 調査を開始する日時
• 調査を行う場所
• 調査の目的
• 調査の対象となる税目
• 調査の対象となる期間
• 調査の対象となる帳簿書類その他の物件
• その他、政令で定める事項（調査担当者の氏名・所属官署など）

なお、通知された日時や場所は、合理的な理由があれば変更を求めることができます（同条第2項）。ただし、正確な課税標準等の把握を困難にするおそれがあると認められる場合には、事前通知が行われないこともあります（同法第74条の10）。

ステップ2：調査までの準備

通知から当日までは、通常2週間から1か月ほどの余裕があります。この期間に、対象期間の帳簿・請求書・領収書・契約書・通帳をすぐ出せる状態にそろえ、顧問税理士と指摘されそうな論点を洗い出しておきます。

この事前の洗い出しが、実は最も差がつくところだと考えます。とくに交際費や外注費のように事業関連性の説明が必要になる費目は、整理しておくかどうかで当日の説明のしやすさがまったく違ってきます。どのような支出が問題になりやすいかは、必要経費として認められなかった裁決・判例もあわせてご覧ください。

ステップ3：調査当日

臨場は2日間程度が一般的です。午前中は事業概況のヒアリング、午後から帳簿書類の検査に入る、という進み方が多いかと思います。

調査官は、必要があるときは提出された帳簿書類等を預かることができます（同法第74条の7）。これを留置きといい、承諾なく強制的に預かられることはなく、必要がなくなれば遅滞なく返還されるとされています（前掲FAQ問10・問11）。預ける際は、何を預けたのかを一覧にして控えを取っておくことをおすすめします。

ステップ4：調査後の折衝

臨場が終わっても、調査は終わりではありません。追加資料の依頼や見解のやり取りが、電話や書面で数週間から数か月続きます。取引先に事実確認が行われること（いわゆる反面調査）もあります。

この段階での税理士の役割は、税務署の指摘のうち、受け入れざるを得ないものと、見解の相違として主張すべきものを切り分けることかと考えます。

ステップ5：調査の終了

調査の終了手続は国税通則法第74条の11に定められており、結末は次の3つのいずれかです。

結末	内容
申告是認	更正決定等をすべきと認められない旨を書面で通知（第74条の11第1項）
修正申告	調査結果の内容の説明を受け、自ら修正申告を提出（同条第2項・第3項）
更正・決定	勧奨に応じない場合、税務署が処分を行う（同条第2項）

修正申告を提出しますと不服申立てはできなくなりますが、更正の請求（法定申告期限から原則5年以内）をすることはできます。この点は勧奨の際に説明され、書面が交付されます（同条第3項、同法第23条第1項）。なお、勧奨に応じるかどうかは任意で、応じなくても不利な取扱いを受けることは基本的にないとされています（前掲FAQ問25）。

当日の対応で失敗しないための5つのポイント

①その場で断定しない

記憶があいまいなことを「たしか、そうだったと思います」と答えてしまいますと、それが調査官のメモに残り、後から事実と違うと分かったときに、説明の信用性そのものを疑われてしまいます。正解は「確認してからお答えします」です。逃げでも非協力でもなく、正確な事実を伝えるための当然の対応かと考えます。

②やり取りは必ずメモに残す

「誰が」「いつ」「何を聞き」「どう答えたか」を、その場で記録します。調査官は必ずメモを取っています。あわせて、提出した資料と預けた資料も控えておきます。調査が数か月に及ぶことも珍しくありませんので、記録がないと後で必ず困ることになります。

③聞かれたこと・求められた資料だけに応じる

沈黙が気まずくて、つい余計なことを話してしまう。これは本当によく起こる場面です。こちらから持ち出した話題が、新たな論点になってしまうことがあります。資料も同じで、「このあたりの書類をまとめて」と言われたときに関係のないものまで束ごと渡さず、求められた範囲を確認したうえで、該当するものだけを整理して提出します。

隠すという意味ではありません。関係のない話題や資料から派生的に論点が広がりますと、調査が長期化し、結果として会社の負担が増えるためです。なお、事前通知された税目や期間以外であっても、非違が疑われる事項については質問検査等が行われます（同法第74条の9第4項）。

④雑談も調査の一部と心得る

初日の午前中の世間話は、和ませるためだけのものではありません。社長の生活水準や最近の大きな買い物といった話題は、申告内容との整合性を確認する材料になり得ます。身構える必要はありませんが、雑談の場でも事実と違うことは言わない、という姿勢は保っていただくとよいかと思います。

⑤その場で修正申告に同意しない

調査の最終盤、「この点を直していただければ終わりにできます」と提案されることがあります。早く終わらせたい一心で了承したくなる場面ですが、修正申告を提出しますと不服申立てはできなくなります。金額と理由をいったん持ち帰り、顧問税理士と検討したうえでご判断いただくのがよいかと考えます。

指摘を受けた場合の加算税

納税額が増える場合には、増えた本税と延滞税のほかに加算税が課されます。割合は「どの種類の誤りか」と「いつ自分で直したか」の2つで決まります。まず、誤りの性質によって次の3つに分かれます。

状況	課される加算税
申告はしていたが、納める税額が少なかった	過少申告加算税
申告期限までに申告していなかった	無申告加算税
事実を隠したり、書類を偽ったりしていた	重加算税

次に、割合を左右するのが直したタイミングです。条文には「調査があつたことにより……更正又は決定があるべきことを予知してされたものでない」という言い回しが出てきます（同法第65条第1項、第66条第1項）。分かりにくい表現ですが、税務調査で指摘されそうだと分かってから出した申告ではなく、自分で誤りに気づいて出した申告かどうかという意味です。整理しますと、次の3段階になります。

直したタイミング	過少申告加算税	無申告加算税
①調査の通知が来る前に、自分から申告した	かからない	5％
②通知は受けたが、指摘される前に自分から申告した	5％	10％
③調査で指摘されてから申告した、または更正・決定を受けた	10％	15％

この差は、実際に立会いをしていても大きいと感じます。自社で誤りに気づいた場合は、放置せずに早めに修正申告をしておくことで、加算税をまったく負担せずに済むことがあります。なお、上の割合は基本のもので、税額が一定の金額を超える場合などには、超えた部分について上乗せがあります（同法第65条第2項、第66条第2項・第3項）。

重加算税は、事実を隠蔽または仮装した場合に課されるもので、割合が大きく跳ね上がります。申告はしていた場合が35％、申告していなかった場合が40％です（同法第68条第1項・第2項）。売上を意図的に帳簿から除く、架空の請求書を作るといった行為が典型で、単なる計算誤りや法令解釈の相違では課されません。実務でも争点になりやすいところですので、指摘を受けた場合は、事実関係を丁寧に確認する必要があるかと考えます。

税務調査でよくいただくご質問

調査は何年分さかのぼりますか

更正・決定ができる期間は、法定申告期限から原則5年です（同法第70条第1項第1号）。実務上は直近3年分を対象として通知されることが多く、そこで非違が見つかった場合に5年へ広がる、という進み方をよく見かけます。偽りその他不正の行為があった場合は7年です（同条第5項第1号）。

税務調査は何年に一度くらい来ますか

周期が決まっているわけではありません。業種、売上規模、申告内容の変動、過去の調査結果などから総合的に選定されているものと考えられ、一律の目安を申し上げるのは難しいところです。

一度調査を受けた年分が、また調査されることはありますか

原則としてありません。ただし、新たに得られた情報に照らして非違があると認めるときは、あらためて質問検査等が行われることがあります（同法第74条の11第5項）。取引先の調査で新しい事実が判明した場合などが、これに当たります。

顧問税理士がいませんが、今から立会いを頼めますか

可能です。税務代理権限証書を税務署に提出すれば、調査への対応を税理士が行うことができます（税理士法第30条）。ただ、過去の申告内容を把握するための時間が必要ですので、通知を受けたらできるだけ早くご相談いただくのがよいかと思います。どのような税理士に依頼するかについては、税理士の選び方もあわせてご覧ください。

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※本記事は2026年9月時点の法令等に基づいて作成しています。