KSK2とは？新国税システムで変わる税務調査と手続を税理士が解説

2026年9月24日、国税庁の基幹システムが「KSK2」に切り替わりました。「AIで税務調査が厳しくなる」といった話題も目にしますが、KSK2そのものは調査を行うAIではなく、国税の情報を管理する「土台」となるシステムです。

一方で国税庁は、この更改にあわせて、データとAIを使った調査先の選び方をさらに高度化する方針を示しています。今回は国税庁の公表資料をもとに、KSK2で何が変わったのか、税務調査や手続への影響、事業者が備えておきたいことを整理します。

そもそもKSKシステムとは

KSKシステム（国税総合管理システム）は、全国の国税局と税務署をネットワークで結び、申告・納税・調査などの情報を地域や税目を越えて一元管理する、国税庁の基幹システムです。これを全面的に刷新したのが「KSK2（次世代システム）」で、「納税者の利便性の向上」と「課税・徴収の効率化・高度化」を実現するためのインフラと位置づけられています。

KSK2で変わった3つのポイント

税目ごとに分かれていたデータベースが統合され、紙で管理していた情報もデータで管理されるようになりました。税務署から見ると、一人の納税者や一つの会社の情報を、税目をまたいでデータで扱いやすくなったということです。

税務調査の対象はどのように選ばれているのか

国税庁が2026年7月に公表した資料によると、調査先の選定にはすでに予測AIが使われています。

• 申告書・決算情報・法定調書・過去の調査記録などを予測AIで分析し、申告漏れのリスクをスコア化する予測モデルを全国の国税局・税務署で活用
• 法人の売上・経費・原価のどこに不正のパターンがありそうかを判定するモデルも活用
• 調査の要否や優先度は、申告書や資料情報もあわせて検討し、最終的に職員が判断

2024事務年度（2024年7月〜2025年6月）の所得税の調査等による追徴税額は1,431億円と過去最高でした（すべてが予測モデルを活用した事案ではありません）。また、リスクが高くない場合でも、計算誤りなどが想定されれば文書照会などで幅広く接触するとされています。私も実務上、売上や外注費が大きく動いた年に「お尋ね」が届いたというご相談を伺うことがあります。

KSK2で税務調査はどう変わるのか

国税庁は、KSK2で書面情報のデータ化が進むことを踏まえ、予測モデルの精度向上など、AI・データ活用をさらに高度化するとしています。考えられる変化は次の3つです。

①調査先の選定の精度が上がる

データが増えるほど予測の精度は上がります。同業他社より利益率が低い、売上が減っているのに特定の経費だけ増えているといった数字の「違和感」が、目に留まりやすくなると考えます。

②税目をまたいだ確認がしやすくなる

法人税と消費税の申告内容、源泉徴収の資料と役員個人の確定申告などを照らし合わせやすくなり、申告書どうしの食い違いは説明を求められやすくなる可能性があります。

③調査の「メリハリ」が強まる

調査の必要度が高い先には深度ある調査を行い、それ以外は文書照会などで効率的に対応する方針です。きちんと申告している事業者にとっては、問題がありそうな先に調査が集中していく変化と捉えてよいかと思います。

事業者が今から備えておきたいこと

データで見られることを前提に、「数字を説明できる状態」にしておくことが大切です。

①証拠書類をすぐ出せる状態にしておく

帳簿や請求書・領収書は、すぐ提示できるよう整理しておきます。帳簿の不提示や記載不備があると過少申告加算税が加重される一方（国税通則法65条4項）、要件を満たす「優良な電子帳簿」であれば5%軽減されます（電子帳簿保存法8条4項）。

②税目をまたいでセルフチェックする

申告書どうしの数字が整合しているかを確認し、前年から大きく動いた数字は決算時に理由をメモしておきます。弊所でも、大きく動いた科目は理由を伺って記録しています。また「書面添付制度」（税理士法33条の2）を利用すると、調査の事前通知の前に税理士が意見を述べる機会が設けられます（同法35条1項）。

③誤りに気づいたら調査の通知前に修正する

調査の通知前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません（国税通則法65条6項）。通知後でも、更正を予知する前であれば5%にとどまります（同条1項）。

税務調査以外で変わること

KSK2への移行にあわせて、事業者の実務に関係する主な変更点は次のとおりです。

特に注意したいのが通知書の電子交付です。これまで電子交付を利用していた方も含め、e-Tax上で改めて一括同意の手続をしなければ、電子交付を受けることができません。なお、「国税還付金振込通知書」は、従来どおり申告・申請のたびに同意する方式です。

書面で申告・納付している場合は、最新の様式を使うことが求められます。申告書の控用がなくなったため、書面で提出する際は事前にコピーを取るなど、控えの残し方も見直しておくと安心です。

よくあるご質問

KSK2になって税務調査の件数は増えるのですか

KSK2で調査件数を増やすという発表はありません。必要度の高い先に重点的に調査を行い、それ以外は文書照会などで対応する方向と考えます。

AIが税務調査の対象を決めているのですか

いいえ。AIは申告漏れのリスクをスコア化する役割で、調査の要否や優先度は最終的に職員が判断しています。

KSK2の稼働にあわせて、事業者側で必要な手続きはありますか

届出は不要です。ただし、通知書をe-Taxで受け取りたい場合は、これまで電子交付を利用していた方も含め、e-Tax上で一括同意の手続が必要です。

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※本記事は2026年10月時点の法令及び国税庁の公表資料（「国税庁におけるAIの活用」令和8年7月ほか）に基づいて作成しています。